提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
网红私闯已关闭自然保护区?官方回应来了******
网红私闯已关闭自然保护区?
官方回应来了
2月1日,一名视频博主晒出了自己在西藏纳木错自然保护区圣象天门景区旅游打卡视频,该视频随即引起不少争议,原因是西藏纳木错自然保护区圣象天门景区其实是处于关闭并不对外开放状态。而该博主回复网友评论称,自己是从小路进入到景区内。
西藏自治区班戈县纳木错管理局相关负责人表示,保护区范围很大,通往圣象天门景区有很多小路,“部分游客以前来过知道路径,或者是通过导航来到景区都有可能。”
2月2日,班戈县委网信办表示,圣象天门去年已被关闭,对于私自进入关闭景区的游客将和文旅局协调如何处理。班戈文旅局此前发布公告称,禁止在纳木错北岸旅游,对擅入保护区造成破坏的,处100元以上5000元以下罚款。
据了解,圣象天门位于西藏那曲市班戈县青龙乡5村境内,属于西藏纳木错北岸自然保护区范围。被称为“西藏美景的终结地”,也是西藏著名的网红打卡地。
事实上,近年来网红私自前往禁区的报道屡见不鲜。网友对此表示,真该好好管管了!
据悉,西藏班戈县文旅局曾在2022年3月31日发布《关于禁止在纳木错北岸自然保护区内开展旅游活动的公告》,禁止任何单位、个人及自驾车游客擅自进入纳木错北岸自治区级自然保护区核心区、缓冲区。并杜绝导游带领或引导游客擅自进入自然保护区范围内,对违法违规操作的导游一经发现,情节严重者移送公安机关处理。
综合新华社、天目新闻等