提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

“阳康”后还会再次感染吗******

　　社区监测数据显示，截至2023年1月6日，河南省新冠病毒感染率为89.0%。“阳康”后再次感染的概率高吗？如何防护？“复阳”与再次感染有何不同？

　　1月9日，河南省疾控中心主任郝义彬说，相较于此前的其他变异株，奥密克戎变异株的传播力、免疫逃逸能力都有所增强，但根据流行病学研究和临床观察发现，“阳康”后3—6个月内发生新冠病毒再次感染的概率比较低。同时，去年12月份以来我省开展的本土病例基因测序结果显示，BA.5.2分支占94.5%，BF.7分支占4.4%，BA.5.2.20分支占1.1%，我省现阶段流行的毒株仍以BA.5.2为优势毒株，暂未发现新的变异株，所以短期内再次感染同一变异株的可能性较小。

　　河南省新冠病毒感染医疗救治专家组组长、郑大一附院副院长张国俊介绍，新冠病毒感染有十大症状：发热、干咳、乏力、嗅觉味觉减退、鼻塞、流涕、咽痛、结膜炎、肌痛和腹泻，一旦出现这十个表现中的一个或者几个，做抗原检测或者核酸检测显示阳性就可以确定感染新冠病毒了。

　　“复阳”与二次感染有什么区别？“这是两个概念。”张国俊说，当患者感染新冠病毒康复后核酸检测再次出现阳性的情况即是复阳，复阳患者的CT值一般大于35，多认为是体内病毒的一些片段，没有传染性，也没有致病力。从复阳发生率来看，既往原始毒株有5%到15%的复阳率，目前奥密克戎毒株的复阳率总体并没有增加。

　　二次感染则是康复后的患者在一定时间跨度后，再次出现新冠病毒感染相关症状，核酸检测CT值一般小于35，可能是因为患者的免疫功能下降造成了二次感染。据介绍，奥密克戎的二次感染率是早期毒株alpha的5倍，达到了3.31%。

　　如何预防二次感染？

　　郝义彬认为，预防再次感染最好的办法仍是落实好个人防护措施，包括戴口罩、注意手卫生、勤通风、接种疫苗等；老年人和儿童康复后，要尽量减少聚集、保证良好的卫生习惯、合理膳食加强营养；“阳康”6个月后积极接种新冠疫苗，以强化免疫屏障等。